Usa el notificador de dispositivos. En lugar del icono para conectar que había antes, habrá un icono con una flecha hacia arriba similar a las que tienen los reproductores de VHS y DVD. Esto desconectará "de forma segura" el dispositivo. Sin embargo, esto no lo expulsará. Espera siempre unos segundos después de usar esto, puesto que los buffers son nivelados y quieres estar seguro de que la escritura ha terminado.
En Dolphin, busca el nombre del dispositivo en el panel Lugares. Haz clic con el botón derecho en él y verás el botón para Expulsar. De nuevo, ten cuidado para no retirar el dispositivo demasiado rápido.